帽子表面有壹層皮層。皮層的菌絲中有不同的色素,使菌蓋呈現出各種顏色。皮層下是菇肉,壹般由長絲狀菌絲組成,其他由膨大的泡狀菌絲組成。細菌肉的顏色和受傷後顏色的變化往往因物種不同而不同。壹般來說,細菌的肉大多是白色或骯臟的,有些是淡黃色或紅色。
有些蘑菇在菌柄處有囊,稱為菌柄囊。特別是有些牛肝菌可能也有管邊囊,都是由細胞組成的。通過顯微鏡可以看到,它們通常生長在髓中。
許多蘑菇也有鱗片,大部分存在於蓋或柄上。其中之壹是紙,由大量的纖維細胞和少量的膨脹細胞組成。但有些蘑菇鱗片是易破膜的,由少量纖維細胞和大量膨大細胞組成。膨脹細胞相當於水泥,纖維細胞相當於鋼筋,所以很多蘑菇可以通過鱗片的硬度、脫皮程度、顏色、形狀來區分。