胃、腸、肝和膽囊都是消化系統的重要器官。人體攝入的三種營養素(蛋白質、脂肪和糖)必須經過肝臟代謝後，才能被人體利用。脂肪肝患者肝功能受損，長期會影響脾、膽、胃、腸。肝臟疾病常影響膽囊的功能，約20% ~ 30%的脂肪肝患者伴有慢性膽囊炎和膽石癥。
脂肪肝導致肝硬化和肝癌
脂肪肝是肝臟脂質代謝紊亂的產物，也是加重肝損傷的致病因素，互為因果，惡性循環發展。肝細胞長期變性會導致肝細胞再生障礙和壞死，進而形成肝纖維化和肝硬化。肝硬化繼發肝癌的概率很高。壹旦肝硬化發展到失代償期，肝昏迷、肝腹水、消化道大出血、肝衰竭、肝腎綜合征等。會很容易發生，而且離生命終結也不遠了。
脂肪肝誘發高血壓和動脈硬化。
脂肪肝患者脂質代謝紊亂，血中甘油三酯偏高並常伴有高脂血癥，血液粘度增高，促進動脈粥樣硬化的形成。動脈粥樣硬化與高血壓和冠心病密切相關。研究表明，酒精性脂肪肝合並高血壓、冠心病的患者，容易因心肌梗死而猝死。