大蒜素軟膠囊的主要功能是抑制和殺滅多種細菌和真菌等。其活性成分大蒜素能抑制痢疾桿菌和傷寒桿菌的繁殖，對葡萄球菌和肺炎球菌等有明顯的抑制和殺滅作用。在臨床上，口服大蒜素可以治療動物腸炎、腹瀉、食欲不振等。因此，大蒜素軟膠囊可用於治療與深部真菌和細菌感染相關的疾病，如肺部和消化道真菌感染、白色念珠菌菌血癥、急慢性細菌性痢疾、急慢性腸炎、百日咳等。
但也要註意大蒜素軟膠囊的禁忌:對大蒜素軟膠囊過敏者禁用；在妊娠期和哺乳期，老年人需要慎用大蒜素軟膠囊:因為這個實驗沒有進行過，也沒有可靠的參考文獻；眼疾患者慎用；而且小孩壹定要在大人的監督下服用；患有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等嚴重慢性病者，應在醫生指導下服用。