文昌魚雌雄異株，通常在6-7月產卵。其生殖腺附著在鰓周腔兩側的內壁上，為26對左右壁厚的長方形囊。性成熟時，可根據文昌魚精巢為白色或卵巢為淡黃色來鑒別。
當文昌魚在水中時，它會把下半身的壹半埋在沙子裏，只留下前半部分露在沙子外面。它主要依靠水流帶來浮遊生物、矽藻和植物為食。這種被動的進食方式說明它屬於非常低級的脊椎動物。
文昌魚作為脊索動物中幸存的壹種，是無脊椎動物向脊椎動物過渡的典型活體標本。自1774年帕拉斯發現文昌魚以來，壹直受到動物學家的高度重視，是研究包括人類在內的脊椎動物起源和進化的極其珍貴的模式動物。
文昌魚在世界上分布不廣，僅在我國沿海地區有分布。但由於棲息地的破壞等原因，文昌魚資源逐年減少，分布區域越來越窄，成為珍稀物種。文昌魚已被列為中國二級保護動物。