做膠的時候要註意充分溶解瓊脂糖，煮沸。同時，我們還應該註意TAE在煮沸過程中的蒸發。剛做膠水的時候，放在燒瓶裏煮，差點蒸發掉。然後，加EB的時候不要熱，因為高於70度的時候，EB會升華蒸發，如果太冷，EB的濃度會不均勻；因為EB是致癌物，操作時壹定要註意自我保護；然後要清理膠槽，梳齒壹定要放直，以免不規則跑出皮帶。
跑膠時間與電壓成反比，電壓與電泳槽兩電極距離成正比，壹般小於5V/cm。因為妳的片段很小，很有可能無法與引物二聚體區分，所以妳再跑電泳的時候要適當延長時間，讓溴芬指示帶跑滿凝膠的三分之二，因為時間長了二聚體會跑掉，而目的產物不會。