制造？DNA？使其在堿性條件下帶負電(pH8.0？緩沖液)，在電流的作用下，以瓊脂糖凝膠為介質，從負極向正極移動，根據不同？DNA？分子碎片的大小和形狀不同，在電場中的遊動速度也不同。同時在樣本中加入染料可以和DNA相似？分子之間形成復合物，經過紫外線照射，可以看到？DNA？位置，從而達到分離和識別的目的。
瓊脂糖凝膠電泳中的註意事項
底板壹定要用膠帶封好，不然倒膠的時候凝膠會漏出來。可以在灌膠前在交接處倒少量凝膠，用凝固的凝膠密封嚴密。
梳子切不可插入底部，離底部1-2mm，否則梳子拔出時容易破膠，造成漏膠。加熱時，應註意不要讓瓊脂糖沸騰得太厲害，只需稍微加熱至溶液冷卻，即會完全溶解。過度煮沸會導致凝膠實際濃度的增加。
凝膠放入電泳槽時註意極性，不要正負極接反。應註意撕掉兩端的密封帶。凝膠的濃度與要分離的DNA的大小有關。壹般濃度是1%，低濃度的膠水特別易碎，要註意。