1、分布地區不同
香榧子：中國主要生長在長江以南的浙江、安徽、福建、江蘇、貴州、湖南、江西等省，其中太平香榧、楓橋香榧、浙江香榧和江西玉山香榧（果）等最著名。
木榧子：主要分布在全省浙江、福建崇安、建歐、安徽黃山、貴池、江西利川、秀水、燕山、宣田、婺源、黃岡山，向西分布在湖南新寧、慈利和貴州松桃、上海和昆明等地栽培。
2、形態不同
香榧子：實有壹層堅硬的種皮，棗子大小相仿，果仁如橄欖，兩尖，卵圓形，成熟的果殼呈黃褐色或紫褐色，種子呈黃白色。
木榧子：果實卵圓形，長2 ～ 4厘米，表面黃灰色或黃色棕色，縱向皺紋，鈍圓的壹端，有壹個橢圓形的傷疤，顏色是光，兩邊各有壹個小過程，另壹端稍尖，殼質量硬脆，打破紅褐色的內表面後，麻行。籽粒卵球形，皺褶實心，表面有灰褐色皺褶膜，籽粒黃白色，含油。
3、所屬不同
香榧子：香榧子屬於松柏綱松柏目紅豆杉科榧屬香榧種。
木榧子：木榧子屬於松杉綱紅豆杉目紅豆杉科榧樹屬榧樹種。