B-2自服役以後參加了三次戰爭。1999年3月24日，2架B-2從懷特曼空軍基地起飛，經過30小時連續飛行、兩次空中加油後，向南聯盟的目標投放了32枚908公斤聯合直接攻擊彈藥，這是B-2轟炸機的首次參加實戰。在整個科索沃戰爭中，6架B-2***飛行了45個架次，對南聯盟的重要目標投放了656枚聯合直接攻擊彈藥，B-2的飛行出動不到戰爭中飛機總出動量的1%，投彈量卻達到總投彈量的11%。摧毀了南聯盟近33%的目標。 美軍b-2隱形轟炸機投彈在阿富汗戰爭中，在戰爭的頭3天裏，***6架B-2從本土起飛，經太平洋、東南亞和印度洋，對阿富汗實施空襲後再到迪島降落，創造了連續作戰飛行44小時新紀錄，並投擲了96枚聯合直接攻擊彈藥。
在伊拉克戰爭中，B-2型機***出動49架次。其中，27架次以本土懷特曼為起降基地，飛越大西洋航線，實施遠程奔襲，飛行時間約35小時。另外22架次是以壹個前沿基地為起降基地，對伊拉克的指揮、控制、通信等設施進行了精確的打擊。