WGDI軟件(3):兩種不同物種的共線點陣

我上壹篇博客介紹了WGDI軟件繪制單個物種的‘點狀圖’，參與了WGDI軟件(2):單個物種* * *線性位圖——點狀圖。接下來，我將向妳們展示兩個不同物種的點狀圖。我選了雷公藤和葡萄基因組。雷公藤和參與雷公藤內酯醇生物合成的細胞色素P450的鑒定是在雷公藤從葡萄分化出來後發生的。

首先準備雷公藤和葡萄的基因組和gff3文件，處理Vvin.len、Twi.len、Vvin.gff、Twi.gff、Twi.pep.fa、Vvin.pep.fa六個文件(處理方法見之前的博客)。

然後準備雷公藤和葡萄蛋白對比文件Twi。Vvin.blastp

(1)圖1為WGDI繪制的點狀圖，圖2為定額軟件繪制的點狀圖。兩個軟件都是根據blastp的結果畫圖。

(2)通過對比可以發現，定額軟件展示的結果基本都可以在WGDI中找到，可以給出與文章壹致的結論(最近發生了三倍的情況)，WGDI可以展示更多的信息。

繪制點狀圖的軟件有很多。我用過mummer、JCVI和quota，每個軟件都有自己的特點。總的來說，WGDI是最人性化的軟件，只需要簡單修改配置文件就可以對輸入文件進行過濾和繪制，並且可以很方便的調整圖片的大小。