1.抗原藥物
對於感染性因素引起的腹瀉，建議遵醫囑服用頭孢克肟片、鹽酸環丙沙星膠囊等抗生素治療病因；消化不良引起的腹瀉，可以服用香砂養胃丸、健胃消食片等藥物治療。對於潰瘍性結腸炎引起的腹瀉，建議服用美沙拉嗪、潑尼松片、左氧氟沙星膠囊等藥物治療。腸道菌群失調和乳糖不耐受引起的腹瀉，可以服用乳酸菌片等益生菌和乳糖酶等酶制劑進行治療。過敏性腸炎引起的腹瀉應及時遠離過敏原，服用氯雷他定片、鹽酸左西替利嗪片等抗組胺藥進行治療。
2.對癥藥物
鞣酸蛋白片、蒙脫石散、去氧腎上腺素等止瀉藥物能有效緩解患者腹瀉癥狀。如果患者在腹瀉期間同時出現胃腸痙攣，應使用止汗劑、顛茄片、消旋山莨菪堿片等解痙鎮痛藥物進行對癥治療。腹脹嘔吐癥狀明顯時，可遵醫囑服用多潘立酮片、莫沙必利片等胃腸動力藥和胃復安片等止吐藥。
由於引起腹瀉的原發病類型不同，臨床使用的藥物種類也會有所不同。