金針菇的蛋白質含量很高，它含有特別有利於兒童骨骼成長和智力發育的多種賴氨酸，而金針菇柄中含有大量食物纖維，可以吸附膽酸，降低膽固醇，促使胃腸蠕動，常吃對高脂血癥患者有壹定的好處。健康人多吃金針菇，可以增強人體的免疫力。但是新鮮的金針菇含有秋水仙堿，人食用後，容易因氧化而產生有毒的二秋水仙堿，它對胃腸黏膜和呼吸道黏膜有強烈的刺激作用。人在食用鮮金針菇30分鐘至4小時內，可能會出現惡心、嘔吐、腹瀉、腹痛等癥狀，大量食用還可能引起發熱、便血、尿血等嚴重癥狀。市場上出售的幹金針菇或金針菇罐頭，其中的秋水仙堿已被破壞，市民可以放心食用。
因秋水仙堿易溶於水，充分加熱後被破壞，吳醫生提醒市在食用鮮金針菇時壹定要煮軟煮熟，使秋水仙堿遇熱分解，但也不要過度烹煮。在家食用前，最好先在冷水中浸泡兩個小時；若要涼拌，先用冷水浸泡再要沸水燙，讓它熟透。另外，金針菇壹次不要吃太多，因為菇類含有高纖維，吃多了可能導致腹瀉。而且它並非適合每個人吃，由於它性寒，脾胃虛寒、慢性腹瀉的人應少吃；患有紅斑狼瘡或關節炎的病人最好不要常吃，