酵母單雜交系統Y1H(酵母單雜交系統)用於發現DNA序列和轉錄因子的組合。通過在啟動子上遊AD(激活域)編碼的報告基因前插入感興趣的DNA序列，使報告基因在轉錄因子的作用下表達，從而實現對轉錄因子與DNA結合的檢測。
因此，酵母單雜交系統主要用於尋找轉錄因子與DNA結合的相互作用。
雙雜交系統Y2H(酵母雙雜交系統)是壹種發現蛋白質相互作用的技術。利用生物細胞中天然存在的轉錄激活因子與其對應的DNA結合區之間的非* *價相互作用，實現識別蛋白質相互作用的目的。該系統通過將感興趣的蛋白質分別與DNA結合域(DNA-BD)和激活域AD融合，使它們在約束條件下相互結合形成蛋白質復合物，驅動報告基因在酵母細胞中表達。
因此，雙雜交系統主要用於發現蛋白質與蛋白質之間的相互作用關系。
酵母單雜交系統和雙雜交系統的原理和應用範圍存在明顯的差異，需要根據具體的研究課題選擇合適的技術來完成實驗。