雙側卵巢巧克力囊腫依然嚴重。雖然卵巢巧克力囊腫多為良性，但卻是育齡婦女最常見的疾病之壹。而雙側巧克力囊腫往往會導致劇烈的經期疼痛，會導致盆腔致密粘連，慢性盆腔疼痛。尤其是有生育要求的患者，兩側都有囊腫，所以繼發不孕的可能性很大，會導致卵巢功能受到影響，無法排卵。
非功能性囊腫，如巧克力囊腫，會給患者帶來不適。常見的不適癥狀有腹痛、腰痛、腹脹、性交痛等。而且還會影響排卵，造成懷孕困難或不孕。如果囊腫破裂或蒂部扭曲，也可能引起劇烈腹痛，需要及時就醫。