b、醋酸桿菌為需氧型細菌，因此進行的是有氧發酵，故b錯誤；
c、果酒、果醋和腐乳制作使用的菌種分別是酵母菌、醋酸菌和毛黴，故c錯誤；
d、果酒、果醋和腐乳制作所使用的菌種分別是酵母菌（單細胞真菌）、醋酸桿菌（屬於需氧型細菌）和毛黴（多細胞真菌），它們均有細胞結構，都具有細胞壁、核糖體、dna和rna；故d正確．
故選：d．