在食用菌菌種生產中，通常將采用子實體組織分離、孢子分離，或耳木、菇木基內菌絲體分離所得到的菌絲體純培養物，及其轉接的菌種稱為母種，也稱壹級種。
由母種移植、擴大培養而成的菌絲體純培養物稱為原種，也叫二級種。原種主要用來生產栽培種，也可直接用作栽培種。
由原種移植、擴大培養而成的菌絲體純培養物稱作栽培種，或稱生產（用）種，也叫三級種。栽培種直接用於栽培。
母種多用試管分裝的馬鈴薯、葡萄糖、瓊脂培養基（簡稱PDA培養基），以便保藏。原種和栽培種的培養基，因食用菌種類不同而稍有差別。常用培養基有木屑培養基、稻草培養基、糞草培養基、麥粒培養基、棉籽殼培養基等。