構建植物病毒克隆載體的基本策略是對病毒DNA(包括RNA逆轉錄DNA)進行處理，消除其對植物的致病性，保留其能夠通過轉導或轉染進入植物細胞的特性，將目的基因導入植物細胞。由於植物病毒克隆載體的應用受到限制，且有Ti質粒改造的相對較好的克隆載體和不受植物種類限制的集成平臺系統克隆載體，所以植物病毒克隆載體的應用並不廣泛。
相反，利用CaMV侵染植物後能啟動35SRNA轉錄的強啟動子，構建了壹系列含有35S啟動子的高效表達載體(鏈接:xlink href = I 0111065438圖4-12link)，啟動目的基因在植物細胞(或藍藻細胞)中的高效表達。