主要區別是，性質不同、形成不同、組成不同，具體如下：
壹、性質不同
1、種皮
種皮 ，指被覆於種子周圍的皮。
2、果皮
果皮是指果實外殼或外皮。
二、形成不同
1、種皮
隨種子的成熟，胚珠的珠被經不同程度的變化而形成。
2、果皮
果皮由子房壁的組織分化、發育而成的果實部分。
三、組成不同
1、種皮
裸子植物和被子植物合瓣花類是由壹層構成的，離瓣花類和單子葉植物是由二層構成的。由二層構成的種皮，特分為內種皮和外種皮。
2、果皮
成熟的果皮壹般可分為外果皮、中果皮、內果皮3層。
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