大西洋藍槍魚是槍魚屬下三個物種之壹。其屬名的希臘文意思是“短劍”，種小名的拉丁文意思是“變黑”，大西洋藍槍魚屬於旗魚科及鱸形目。
大西洋藍槍魚最初是由博內德·拉塞佩德（Bernard Germain de Lacépède）於1802年描述。以往也有其他的學名，包括Histiophorus herschelii、Tetrapturus herschelii、Makaira ampla ampla、Tetrapturus amplus、Orthocraeros bermudae及Makaira perezi。
印度槍魚成為獨立物種被受爭議。基因數據顯示印度槍魚與大西洋藍槍魚雖然是獨立的兩類，但卻是同壹物種。另壹項研究則指印度槍魚及大西洋藍槍魚在線粒體及微衛星基因座上有門顯的親緣地理學上的分野。故此認為這兩類是屬於同壹物種，只有在印度槍魚遷徙及提供基因予大西洋藍槍魚進行基因交換。