許多的海洋生物學家認為飛魚的飛翔大多是為了大多是為了逃避金槍魚、劍魚等大型魚類的追逐，或是由於船只靠近受驚而飛。海洋魚類的大家庭並不總是平靜的，飛魚是生活在海洋上層的中小型魚類，是鯊魚、鮮花鰍、金槍魚、劍魚等兇猛魚類爭相捕食的對象。飛魚並不輕易躍出水面，只有遭到敵害攻擊時，或受到輪船引擎震蕩聲的刺激時，才施展出這種本領來。但有時候，飛魚由於興奮或生殖等原因也會躍出水面，有時候飛魚則會無緣無故地起飛。飛魚的視力很弱，在晚上幾乎看不到，飛魚具有趨光性，所以飛魚經常會成為船只甲板上的“免費午餐”。