箭魚養殖的難點首先在於養殖魚的獲取。箭魚性格暴躁，壹旦被網住，會掙紮到筋疲力盡，所以被抓到的箭魚基本很難存活，通過這種方式獲得壹種魚是非常困難的。
其次是生殖技術。雖然目前的養殖基地已經突破了秋刀魚人工養殖的難關，但是秋刀魚暴躁的脾氣再次成為壹大障礙。由於人工授精需要工作人員將秋刀魚抓在手中，意誌堅強的秋刀魚拼命掙紮，使得人工繁殖過程中死亡率非常高。鄭金良說，在10對人工授精旗魚中，能有1對繁殖成功就很不錯了。
另壹個困難是餵食。劍魚在口味上非常挑剔，只喜歡天然的生物餌料。而且秋刀魚喜歡“生活寬敞”，無法提高養殖密度。至今畝產只有四五十公斤。