鴨蛋腌制後仍有很好的營養。鹹蛋黃的營養價值接近新鮮蛋黃，含有優質蛋白質、卵磷脂、鈣、磷、鐵等礦物質，以及人體所需的多種氨基酸、微量元素和維生素，易被人體吸收。鹹蛋黃在成熟過程中，絕對脂肪含量幾乎不變，但由於水分的流失，蛋黃的相對脂肪含量逐漸增加，高達30%甚至40%以上。
隨著腌制的進行，含鹽量和出油率在增加，油的顏色更亮，粘度變稠並產生特殊的風味，口感更好。中醫認為，鹹鴨蛋比無鹽鴨蛋具有更好的清肺火、降陰火的作用，烹調可治腹瀉。其中鹹蛋黃油有明目養眼的作用，還可以治療兒童積食。外用可治療燒傷和濕疹。