轉基因食品有較多的優點：可增加作物單位面積產量；可以降低生產成本；通過轉基因技術可增強作物抗蟲害、抗病毒等的能力；提高農產品的耐貯性，延長保鮮期，滿足人民生活水平日益提高的需求；可使農作物開發的時間大為縮短；可以擺脫季節、氣候的影響，四季低成本供應；打破物種界限，不斷培植新物種，生產出有利於人類健康的食品。
轉基因食品也有缺點：所謂的增產是不受環境影響的情況下得出的，如果遇到雨雪的自然災害，也有可能減產更厲害。且多項研究表明，轉基因食品對哺乳動物的免疫功能有損害。同時可能造成外源基因汙染該物質。