②血紅蛋白參與血液中氧氣的運輸，②正確；
③植物細胞壁的組成成分是纖維素和果膠，③錯誤；
④許多酶的本質是蛋白質，④正確；
⑤許多激素的本質是蛋白質，激素具有調節機體的各種生命活動，但不是各種生命活動都由蛋白質類的激素進行調節，⑤錯誤；
⑥抗體的本質是蛋白質，參與人體的免疫調節，⑥正確．
故選：D．