巴斯克芝士蛋糕只能存放2到3天，因為芝士在溫度高於15度的情況下就會慢慢融化，內部變質的速度會迅速加快，所以巴斯克芝士蛋糕需要保存在低溫的環境下，為了保留蛋糕新鮮的口感和味道，盡量是2天之內食用完，特別是在夏季溫度較高的情況下，最好是當天吃完。放在冷凍室的話，建議是提前需要乳化，因為冷凍室可能會沒有辦法直接吃。