咖啡灌腸潛在風險輕者為影響鈣質吸收與脂溶性維生素的吸收。由於咖啡並非通常醫院所用無菌水,咖啡灌腸極易導致細菌感染,引起結腸炎甚至敗血癥。咖啡灌腸時很難控制咖啡溶液滲透壓與體液壹致,極易導致電解質失衡,從而引發頭暈、休克、腦囊腫,甚至死亡。同時咖啡灌入速度過快帶來腸道穿孔風險彤[要求資料來源],咖啡過熱導致黏膜灼傷。