保存新鮮的冬蟲夏草，可以將新鮮冬蟲夏草放到保鮮袋裏密封好後存放在冰箱的冷凍格中，溫度盡量控制在零度以下。每次食用時拿出解凍，壹旦解凍，應該立即吃掉。
新鮮的冬蟲夏草比幹制的蟲草營養價值會高許多。因為新鮮的冬蟲夏草沒有經過陰幹的處理，從而避免了蟲草在這個過程中的營養流失。
不過新鮮的蟲草由於含水量較高，所以容易變質，因此得需要適當的保存起來。