魚缸泵安裝在魚缸裏，它的作用是把魚缸裏的水輸送到過濾器裏。大部分是三泵，也有沒有造波口的。但是泵的進水口有進水管和花籃，有吸糞的能力。吸水花籃可以阻擋大的汙物和魚，主要用在盡可能靠近池底的上層過濾系統。
底缸泵安裝在底缸內，將過濾後的水送回魚缸。底缸泵沒有吸管和花籃，進水口有蓋子和海綿。壹般底缸泵的揚程較高。