1，不同來源:黑芥穗是蓼科黑芥的幹燥成熟果實。荊芥為荊芥的幹燥地上部分。
2.功效不同:黑芥子耳具有溫肺益氣、化痰散結、行氣導滯的功效，用於治療寒痰咳嗽、胸痛、筋骨疼痛、牙齒松動、風濕性關節痛等癥；荊芥具有散風寒、透疹消瘡的功效，常用於治療風寒感冒、頭痛、麻疹、初瘡、密不透風疹、風疹瘙癢等疾病。
3、異病同治:黑芥耳主要用於治療與痰濕有關的疾病，如寒痰咳嗽、胸痛等。荊芥主要用於治療風寒相關疾病，如感冒、頭痛、皮膚病等。