蜂蜜的含水量很低，而且蜂蜜中含有酸和高濃度的糖類，具有很好的抗菌活性，所以在室溫幹燥避光的環境中保存不易變質。
如果想更好的保鮮或者沒有好的儲存環境，可以放入冰箱冷藏。因為低溫會加快蜂蜜的結晶速度，不會影響正常食用。除了需要註意保存之外，喝蜂蜜水的時候也要避免用開水沖泡，這樣不利於充分吸收蜂蜜的營養。