野生三文魚的寄生蟲比較多，以異尖線蟲最常見，容易引起腹痛腹瀉，不過海水寄生蟲無法在人體內長期生存。
相比而言，養殖三文魚的寄生蟲可能會少壹些。值得註意的是，淡水養殖的虹鱒魚有時也會被用來做刺身，但它的風險遠遠大於三文魚。這是因為淡水魚中的寄生蟲可以在人體內生存，其中最常見的是肝吸蟲。