1、品種問題：某些吊瓜品種本身含有較多的黑色素，成熟後內部呈現出黑色。
2、存儲時間過長：吊瓜子在儲存過程中時間過長或者保存環境不適宜，例如溫度高，會發生褐質變軟、形成黑斑等問題，使得吊瓜子變為黑色。
3、存放溫度過高造成灼傷：開花的吊瓜在氣溫高時進行人工授粉後結出果實，在果實老化階段暴露在極端高溫環境下發生灼傷現象，果實變質呈現出黑色。