瓊脂糖凝膠結構均壹,含水量高(約98%-99%),類似於自由電泳。與自由電流相比,樣品擴散對樣品的吸附很小,因此電泳圖譜清晰,分辨率高,重復性好。此外,瓊脂糖是制備凝膠的有用成分,用於通過瓊脂糖凝膠電泳分離DNA。在凝膠電泳過程中,瓊脂糖形成中性凝膠基質,高溫下易液化,冷卻後易恢復凝膠形態。