壹般來說，瓜子含有大量的熱量。經常吃它們會增加熱量的攝入。如果食用量比較少，可能會導致肥胖。
多吃五香瓜子要適量，據相關報道；五香香料、丁香、茴香都含有壹定的致突變性和毒性。其誘變劑可以改變正常人體組織和細胞中的遺傳密碼，使遺傳功能發生突變，從而誘發細胞畸變，形成癌癥。此外，這些調味品還有口幹、咽痛、精神萎靡、失眠等副作用。