PCR產物比質粒跑得快的原因在於它們在瓊脂糖凝膠電泳中的遷移速度不同。PCR產物和質粒是兩種不同的DNA分子，它們具有不同的形態和大小，而pcr其分子較小所以其通過速度更快。
PCR的產物通常是單純的DNA片段，這些附加的DNA序列可以增加DNA分子的大小和形狀，導致它們在瓊脂糖凝膠中移動速度較慢。而PCR反應中所用的DNA聚合酶使DNA鏈連續增長，產生非常規整的DNA分子，這也會影響DNA分子在瓊脂糖凝膠中的移動速度。