將混合好的木耳混合均勻後，需要放入保鮮盒中，然後蓋上保鮮膜，放入冰箱冷藏。冰箱冷藏可以延長食物的保存時間，壹般隔夜後即可食用，不會引起變質發黴，也不會影響健康。
如果涼拌木耳保存方式不正確，比如直接在室溫下保存，特別是在炎熱的天氣，在室溫下，可能會導致涼拌木耳變質，裏面會滋生大量的細菌和黴菌，食用後會影響人體健康。