1、顏色區別：西瓜紅薯的果肉呈桔紅色，含有豐富的β-胡蘿蔔素和類胡蘿蔔素等成分；蜜薯的果肉呈淡桔紅色，主要是因為所含花青苷類物質致使。
2、產量區別。西瓜紅薯生長期較長、對土壤、氣候條件要求高，易受到蟲害影響等因素制約了種植規模和畝產量，在中國畝產量約2300公斤；作為全球第二大栽培塊莖作物的甘薯與其他品種相比有適應性強、抗旱能力強以及生長周期短等優勢，在中國畝產量約3500公斤。