A.恩格勒將本科放在側膜胎座目內。其後J.哈欽森以本科花結構復雜，認為是僅次於遠誌目的進化類群,並獨立成堇菜目(Viololes)。А．Л．塔赫塔江與A.克朗奎斯特都把堇菜目放入五椏果亞綱 (Dilleniidae)內，認為它與楊柳目等關系密切。分類學家們雖對本科的分類地位看法不壹，但***同認為本科與大風子科、西番蓮科有密切的親緣關系。
在最新的APG system中，堇菜科被分入了金虎尾目（Malpighiales），並根據分子與遺傳學的證據證明其與楊柳科（Salicaceae）有密切關系。