1，性質不同。甜曲是糖化菌和酵母制劑，其微生物主要有根黴、毛黴和少量酵母。
2.發酵過程不同。在發酵過程中，糖化菌首先將糯米中的澱粉分解為葡萄糖，蛋白質分解為氨基酸，然後少量酵母通過糖酵解途徑將葡萄糖轉化為酒精。這樣就制成了香甜可口、營養豐富的利口酒。果曲中的糖化酶會充分利用水果中的糖分，最大限度地提高葡萄酒的口感和產量。
3.用途不同。甜味酒曲主要用於制作甜味酒曲。在制甜酒曲的過程中，甜酒曲是主要的發酵制劑。果酒曲主要用於釀造甜酒。