氣泡，由於HPLC系統中氣泡的存在，會造成色譜圖上出現尖銳的噪聲峰，嚴重時會造成分析靈敏度下降；氣泡變大進入流路或色譜柱時會使流動相的流速變慢或不穩定，使基線起伏。造成上述現象的主要原因有三條：壹是流動相溶液中往往因溶解有氧氣或混入了空氣而形成氣泡；二是系統開始工作時未能將流路中的空氣驅趕幹凈；三是在註入樣品時不註意混入了空氣。