營養專家指出，收獲的洋蔥可以長時間儲存，幹燥後不會發芽或發黴。但是沒有幹燥或儲存不當的洋蔥會發芽或腐爛。
通常，洋蔥在15C左右最容易發芽。發芽甚至長出綠苗的洋蔥不會產生對人體有害的物質，所以還是可以吃的。但洋蔥發芽後，鱗片中的營養物質會轉移到頂端進行芽的生長，導致洋蔥營養物質的下降。此外，洋蔥的發芽會影響其商品價值，其味道也是辛辣的。
所以洋蔥要放在陽光下暴曬壹段時間，然後存放在通風幹燥的地方，避免發芽。