水飛薊能激活肝臟蛋白質的再生，恢復被酒精和病毒損傷的肝細胞的活性，清除自由基，維持肝細胞膜的通透性，減少毒素對肝臟的損害，長期飲用對患有急慢性肝炎、脂肪肝、肝硬化、中毒性肝損傷的人有保護作用。
水飛薊作為治療肝膽疾病的藥材至少有2000年的歷史，在歐洲和英國經常被用作解酒藥方，因為它有助於減少酒精代謝和從肝臟蒸餾中防腐劑的使用，並釋放毒素損害肝臟。因為肝臟代謝酒精，所以水飛薊有助於肝臟代謝這些毒素，減少對肝臟本身的損害。