豆制品在發酵過程中會產生胺類物質，多吃對身體不好。此外，胺類物質長時間與亞硝酸鹽反應可能生成亞硝胺這種強致癌物。
臭豆腐的制作過程比較復雜，整個過程可能會被有害細菌汙染，導致人體出現腸胃疾病，嚴重時還可能導致肉毒桿菌的繁殖，產生壹種有毒物質——肉毒桿菌毒素。近年來報道的臭豆腐中毒事件都是由這種毒素引起的。