微波爐的工作原理是利用水分子的高速運動來加熱食物，類似於火鍋加熱食物(食物中的水分子+熱傳導)。但是微波爐中水分子的運動相當劇烈，足以破壞蛋白質維生素的營養成分，這也是微波爐方便但不普及的原因。微波爐多用於加熱沒有營養的食物或蛋白質中維生素含量低的食物，如饅頭、面條等。
另外，微波爐不能加熱金屬物體。金屬壹般都知道有電磁屏蔽作用，金屬外層的電磁波會引起電磁放電電弧對電磁爐造成很大的傷害。