羊肚菌覆土結束後即可澆水。菌絲要求在濕潤的環境中生長，土壤相對含水量控制在50%—70%。
羊肚菌播種的時間壹般在每年的10月至12月，菌絲在3攝氏度到25攝氏度內均能生長，最適宜溫度為15至18攝氏度，低於3攝氏度或者高於25攝氏度菌絲生長停止或者死亡。菌種的播種量為每畝200千克，播種時要均勻準確地把菌種撒在培養料上，播完菌種後就可以覆土了，覆土厚度為3—5厘米，覆土結束後即可澆水。如果對土質要求嚴格的，可以適當的使用采法特菌肥，增加土壤中的活性有益菌，促進菌絲更好的生長。
羊肚菌菌絲的生長要避光保濕，而子實體的生長要弱光保濕，光線過強或者濕度不夠都不利於菌絲和子實體的生長，所以必須搭建人工遮陽棚，遮陽棚分為平棚和拱棚。