但生銀杏含有氰、銀杏酸、銀杏酸等成分，會對人體的神經系統造成傷害，引起
先快感後抑制的癥狀。如果煮熟了吃，銀杏酸和銀杏二酸可以分解，所以煮熟的銀杏毒性較小。
目前醫學界認為生銀杏每天應控制在10粒左右。過量食用會引起腹痛、發熱、嘔吐、抽搐等癥狀。雖然煮熟後毒性會降低，但也不能壹次吃太多。需要註意的是，銀杏中的綠色胚芽毒性最大，食用後應去除；避免與魚同食；孕婦和5歲以下兒童應禁止食用白果，消化不良、腹脹、發熱者不宜食用。
有些人喜歡把銀杏葉泡在水裏，這也很危險。銀杏葉中含有銀杏酚和銀杏酮，既有藥用價值，又有毒性。如果用量過大或時間過長，對心臟健康有害。