食物中毒與其他器質性疾病的本質區別在於，食物中毒的發病更為急性，通常與進食有關。早期主要表現為胃腸道損傷，患者可出現惡心、嘔吐、頻繁腹瀉、腹痛等癥狀。其他疾病雖然主要表現在胃腸道，但與食物沒有明顯的相關性。食物中毒類疾病也可以進行相應的檢查，如檢查血液、嘔吐物、尿液等體液中是否有相應的毒性成分，進行鑒別診斷，即胃腸道癥狀或器官損害，是否與食物接觸有關，是否由其他器官損害引起，或者是否合並胃腸道癥狀。
在鑒別診斷前，要進行對癥支持治療，註意患者的器官保護，同時聽從醫生的建議進行相應的檢查，以便早期明確診斷，給予更好的對癥支持治療。如果患者在進食後短時間內出現胃腸道癥狀，就要考慮是否與進食有關。慢性中毒很難鑒別和診斷。在醫院，醫生可以根據具體情況進行分析或者進行相應的檢查，進行鑒別診斷。