灌腸的操作方法是犬主將犬保定好，並把犬尾拉向壹側，術者壹手提裝有藥液的灌腸吊筒，另壹手將木導管緩緩插入肛門，然後高舉吊筒，使藥液流入直腸。灌藥後讓犬保持安靜，不要走動，以免引起排糞反射而將藥液排除。如果見病犬有排糞姿勢時，應立即用拳或手掌在其尾根上部連續拍打幾下，借以促進肛門括約肌收縮，制止排出藥液。
給犬灌腸時應註意：①灌藥前應給木導管上塗布消毒的石蠟油，防止導管粗糙不光滑而損傷直腸黏膜；②對以營養、消炎和鎮靜等為目的灌腸，在灌腸前，應先灌註適量溫水，將病犬直腸內的積糞除去，然後再灌註營養液或藥液；③灌入的藥量不宜過多，壹般以100～200毫升較合適。