1、外觀區別：黃耳龜和巴西龜在外觀上有區別。最明顯的區別就是它們頭部的斑紋。巴西龜又被稱為“紅耳龜”，顧名思義它們的頭部上、比較靠近中間位置的地方會有壹些暗紅色或者橘紅色的斑紋，這是它們得名的原因。這些斑紋有時候會不太規則，有時候會斷裂，顏色也會有深淺的不同，不過總體來說是比較容易觀察到的。黃耳龜也是如此，它們的頭部上也有壹些斑紋，不過它們的顏色則是黃色的，這壹點非常容易觀察到，也是區分它們最主要的方式。
2、品種區別：目前市面上賣的黃耳龜和巴西龜是比較亂的，有些賣者以及養殖者會籠統地將黃耳龜也稱為巴西龜，認為黃耳龜是巴西龜的其中壹個品種，只是它們的斑紋顏色與普通的巴西龜有壹定程度的不同。從這個方面來說，巴西龜的品種是比較多的，而黃耳龜則只指壹個品種。