近年來，三元食品質量問題不斷，消費者投訴連連。從媒體曝光的情況來看，其產品的質量問題涉及很多問題，比如酸敗、生蛆、脹袋、篡改生產日期等等。但面對諸多產品問題，三元食品總是以原因不明、問題難以確定等各種理由推卸責任，受到消費者質疑。
2012 12年2月27日，人民日報報道，頻頻曝光的三元牛奶質量問題再次陷入“早產門”；2012 10 13、四川新聞網報道《三元紅棗酸奶保質期內八成袋增加:原因不明》；2012年9月29日，Pro-Shell.com發布《三元牛奶被網友質疑牛奶保質期內喝出蟲子》。
2065438+2002年9月21日，環球網報道三元兒童牛奶被曝酸敗，公司拒絕在保質期內索賠。2012年9月4日，甘龍。Com報道“期間三元乳酸乳變質”；2012年7月24日，九江新聞報道《三元水果酸奶被曝含異物，消費者投訴獲賠償》。