扣12分的處理如下：
1、如果駕駛員仍在實習期，但扣了12分，那麽駕駛證將無效，需要再次參加培訓考試；
2、如果實習期已經過，但已經扣了12分，交警將暫扣駕駛證，重新參加科目壹考試，合格後拿到駕駛證；
3、如果持有B或A證書的駕駛員在記分周期內記12分，則駕駛證將被降級。
對在壹個記分周期內記分達到12分的，由公安機關交通管理部門扣留其機動車駕駛證，該機動車駕駛人應當按照規定參加道路交通安全法律、法規的學習並接受考試。考試合格的，記分予以清除，發還機動車駕駛證;考試不合格的，繼續參加學習和考試。
《機動車駕駛證申領和使用規定》第七十壹條
公安機關交通管理部門對機動車駕駛人的道路交通安全違法行為，除依法給予行政處罰外，實行道路交通安全違法行為累積記分制度，記分周期為12個月，滿分為12分。
機動車駕駛人在壹個記分周期內記分達到12分的，應當按規定參加學習、考試。